《黑客帝国》系列是一部内涵丰富的科幻史诗，既可浅尝辄止地享受其娱乐性，但创作者拉娜·沃卓斯基（Lana Wachowski）与莉莉·沃卓斯基（Lilly Wachowski）更在其中注入了关于技术、宗教与性别认同的密集隐喻。这种多层次叙事虽能启发部分观众，却也导致诸多误读现象——最典型的当属“红色药丸”概念：片中墨菲斯（Morpheus，劳伦斯·菲什伯恩饰）让尼奥（Neo，基努·里维斯饰）服下红色药丸挣脱虚拟的“母体”，如今却被阴谋论者及极右势力篡改为“觉醒”于政治操控与媒体灌输的象征。
莉莉·沃卓斯基近期谈及作品被曲解时，既表露无奈也坦言必须学会放手。她在播客《So True with Caleb Hearon》中表示：“必须释放对作品的掌控欲。观众会按自己的方式解读。看到《黑客帝国》衍生出的各种荒谬理论和畸形意识形态，我只能惊呼‘你们在干什么？！这完全错了！’但某种程度上我必须释怀，否则就会陷入无休止的争辩……你永远无法让所有人理解创作初衷。”
尽管理解艺术发布后必然面临解读失控，沃卓斯基仍对《黑客帝国》主题被刻意武器化的现象感到愤慨：“右翼意识形态会攫取一切。他们挪用左翼观点，扭曲成宣传工具，模糊真实信息——这正是法西斯主义的惯用手法。他们甚至编造‘科学性别’这类伪概念，打着科学旗号反科学。法西斯主义就是将公认的人类命题与生命真理篡改变质，抽空其核心价值。”
作为影史现象级作品，1999年首部《黑客帝国》不仅以突破性拍摄技术将存在主义哲思融入动作场景，更通过家庭录像带传播培育出狂热影迷文化。该系列衍生出三部续作、动画剧集、电子游戏等多维度拓展。然而沃卓斯基坦言，如今她更关注创作过程本身而非作品流行度：“我不再为最大化受众而创作。刚刚完成的《垃圾山》（Trash Mountain）让我明白，创作过程的体验才是核心。作为艺术家，我学会沉浸于每个制作日夜——电影之美在于汇聚各路艺术家，将脑海构想转化为全新形态。”
她补充道：“当人们谈论《黑客帝国》的‘成功’时，我认为艺术家往往过度推崇此类成就，但这未必是真正的成功。”2021年上映的《黑客帝国：矩阵重生》仅由其姊拉娜独自操刀，而目前正在开发的新作由德鲁·高达（Drew Goddard）主导，沃卓斯基姐妹均未参与。
