《星际迷航：深空九号》自播出以来，就一直与其他《星际迷航》系列有所不同。虽然其他剧集常常有精彩的跨界合作和频繁的相互引用，但《深空九号》却相对独立。它以成熟的主题、政治阴谋、跨季节的故事线以及独特的空间站背景脱颖而出，与《星际迷航：下一代》或《星际迷航：航海家》等更注重单集冒险的剧集形成鲜明对比。
《深空九号》作为《星际迷航》系列中的“异类”并不令人意外。尽管如此，它仍然是许多粉丝的心头好，拥有许多精彩的剧集。一些使《深空九号》如此吸引人的较暗主题和戏剧化情节，也使其与其他系列保持了一定距离。因此，尽管备受喜爱，《深空九号》依然与其他《星际迷航》系列保持一定的独立性。
《深空九号》起初作为《星际迷航》系列的“异类”
《星际迷航：深空九号》首次播出时，在许多方面都受到早期《星际迷航》系列的影响。就像早期的《星际迷航：下一代》剧集带有《星际迷航：原始系列》的影子，《深空九号》的早期剧集也与《下一代》相似。但从第二季开始，《深空九号》逐渐聚焦于其独特的宗教和政治主题，到第三季结束时，它已经推出了《星际迷航》系列的首个悬念大结局。
随着剧情的发展，《深空九号》越来越专注于联邦与多米尼恩之间的战争和政治斗争，逐渐偏离了其他《星际迷航》系列所描绘的乐观乌托邦。在许多方面，《深空九号》挑战了吉恩·罗登伯里对《星际迷航》的设想。剧中的船员们之间的冲突在其他系列中是难以想象的。此外，从一开始，本杰明·西斯科指挥官（阿弗里·布鲁克斯饰演）与让-吕克·皮卡德船长（帕特里克·斯图尔特饰演）之间的矛盾，也象征性地将《深空九号》与《星际迷航：下一代》区分开来。
《深空九号》的跨界合作进一步加深了其“异类”地位
《星际迷航：深空九号》所进行的少数跨界合作，反而突显了它与其他系列之间的距离。例如，乔纳森·弗雷克斯在《深空九号》中以托马斯·瑞克尔的身份出现，而非威尔·瑞克尔指挥官。当沃夫中尉（迈克尔·多恩饰演）成为该剧的常规角色时，他几乎没带来《星际迷航：下一代》的任何元素，留下了与特罗伊顾问（玛丽娜·西尔蒂斯饰演）的复杂恋情和他的儿子。
即使是迈尔斯·奥布赖恩（科尔姆·米尼饰演）也很少提及他在企业号上的经历。总体而言，这些联系反而未能改变《深空九号》的“异类”地位。
现代《星际迷航》并未如其他经典剧集那样拥抱《深空九号》
即使在三十年后的今天，《星际迷航：深空九号》仍然与整个系列保持一定的距离。与1990年代的其他《星际迷航》系列不同，这些系列不断被提及和重温，《深空九号》只能偶尔得到一些彩蛋。
《星际迷航：奇异新世界》和《星际迷航：发现号》发生在与《星际迷航：原始系列》相同的时代，并自由分享角色和情节。《星际迷航：皮卡德》是《下一代》的延续，正如《星际迷航：新生代》是《航海家》的延续。
唯一与《深空九号》有显著跨界合作的现代剧集是《星际迷航：底层甲板》。在多集剧集中，《深空九号》的角色出现在屏幕上，包括在九十年代仅暗示的关系的正式化。恩辛·马林纳（塔尼·纽瑟姆饰演）在《星际迷航：底层甲板》开始之前曾在《深空九号》服役，而肖克斯中尉（弗雷德·塔塔西奥尔饰演）则与基拉·尼瑞斯上校（娜娜·维斯特饰演）在巴乔尔抵抗运动中是朋友。但《星际迷航：底层甲板》的大结局意味着我们不太可能再看到两部剧集之间的任何跨界合作。
重新审视《深空九号》对现代《星际迷航》的困难
阿弗里·布鲁克斯已不再演出
《星际迷航：底层甲板》与《星际迷航：深空九号》的联系表明，尽管该剧与其他系列之间目前存在距离，但仍有更多《深空九号》跨界合作的潜力。即使在九十年代，《深空九号》的基调与其他《星际迷航》系列融合得不够好，但现代系列的政治阴谋与《深空九号》相似。然而，进行现代跨界合作的困难还有其他原因。最显著的是，阿弗里·布鲁克斯已退休，不太可能在未来重返角色本杰明·西斯科。
阿弗里·布鲁克斯最后一次以本杰明·西斯科的身份出现是在2006年的视频游戏《星际迷航：遗产》中。
在《深空九号》结局里，本杰明·西斯科加入了虫洞 / 天体神殿中的先知，成了一个超越星际舰队或联邦的无龄非线性存在，这给后续编写跨界合作剧情带来很大难度。而且自2001年起，饰演西斯科的阿弗里·布鲁克斯就没再在电影里露过脸，除了纪录片，也不太可能复出。所以虽然《深空九号》的配角们或许还会偶尔出现在现代《星际迷航》系列中，但《星际迷航：深空九号》的直接延续估计是不太可能了。
